基于HBV序列的系统进化分析和特征提取研究

J4 ›› 2015, Vol. 14 ›› Issue (12): 43-46.

基于HBV序列的系统进化分析和特征提取研究

（大理大学工程学院，云南大理671003）

收稿日期:2015-07-24 出版日期:2015-12-15 发布日期:2015-12-15
作者简介:谢坐祥，生物医学工程专业2011级本科生.
基金资助:
云南省应用基础研究计划项目（2013FD038）

Research on Phylogenetic Analysis and Feature Selection Based on HBV Sequence

（College of Engineering, Dali University, Dali, Yunnan 671003, China）

Received:2015-07-24 Online:2015-12-15 Published:2015-12-15

摘要/Abstract

摘要：

乙型肝炎病毒（HBV）感染是一种全球性的健康问题，并且每一种乙型肝炎病毒基因型都有各自的特点。选用10例感
染者的乙型肝炎病毒序列来研究乙型肝炎病毒在序列层次下的进化关系和突变过程。首先使用分子进化遗传分析（MEGA）
软件对乙型肝炎病毒序列进行多序列比对和系统进化分析，然后基于怀卡托智能分析环境（WEKA）软件对乙型肝炎病毒序列
进行特征提取研究。结果表明：系统进化树可以准确预测7例乙型肝炎病毒患者的基因型，并且特征提取能够提高分类器的
分类精度。

关键词: 乙型肝炎病毒, 多序列比对, 系统进化分析, 特征提取

Abstract:

Hepatitis B Virus（HBV）infection is a global health problem and each HBV genotype has its unique feature. 10 patients
HBV sequences are used to study the evolutionary relationship and the process of mutation base of HBV on the sequence level.
Molecular Evolutionary Genetics Analysis（MEGA）software is firstly applied to make multiple sequence alignment and phylogenetic
analysis for HBV sequences. Then, Waikato Environment for Knowledge Analysis（WEKA）software is applied to conduct feature
selection for HBV sequence. The results show that the phylogenetic trees can accurately predict genotypes of 7 patients HBV
sequences. Furthermore, feature selection can improve the accuracy of classifiers.

Key words: HBV, multiple sequence alignment, phylogenetic analysis, feature selection

中图分类号:

R318.04

谢坐祥，陈霞，张俊鹏. 基于HBV序列的系统进化分析和特征提取研究[J]. J4, 2015, 14(12): 43-46.

Xie Zuoxiang, Chen Xia, Zhang Junpeng*. Research on Phylogenetic Analysis and Feature Selection Based on HBV Sequence[J]. J4, 2015, 14(12): 43-46.

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