黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的生物信息学分析

J4 ›› 2015, Vol. 14 ›› Issue (12): 59-63.

黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的生物信息学分析

（1. 大理大学基础医学院，云南大理671000；2. 云南省昆虫生物医药研发重点实验室，云南大理671000；
3. 大理市第一人民医院，云南大理671000）

收稿日期:2015-06-01 出版日期:2015-12-15 发布日期:2015-12-15
作者简介:熊伟，副教授，博士，主要从事细胞分子生物学和生物信息学研究.
基金资助:
国家自然科学基金资助项目（81560458；31260276）；云南省教育厅科学研究重点项目（2014Z126）；云南省昆
虫生物医药研发重点实验室开放项目（201409）；大理学院博士科研启动费项目（BSKY2012018）；云南省大学
生创新创业计划项目（201408）

Bioinformatics Analysis of Mitochondrial Transcription Termination Factor DmTTF Protein in
Drosophila melanogaster

（1. Pre-clinical College, Dali University, Dali, Yunnan 671000, China；2. Yunnan Provincial Key Laboratory of Entomological
Biopharmaceutical R&D，Dali, Yunnan 671000, China; 3. Dali First People's Hospital, Dali, Yunnan 671000, China）

Received:2015-06-01 Online:2015-12-15 Published:2015-12-15

摘要/Abstract

摘要：

目的：基于生物信息学方法分析黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的结构和功能。方法：检索FlyBase数据库
中黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的氨基酸序列，利用不同生物信息学软件对该蛋白质的理化性质、亲水性/疏水
性、亚细胞定位、二级结构、结构域、三维结构、蛋白质相互作用及不同物种间同源蛋白进化关系等方面进行分析。结果：黑腹
果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白全长410个氨基酸，理论分子量为48.3 kDa，理论等电点为9.62，属于MTERF蛋白超家
族，不含跨膜区，属于亲水蛋白。DmTTF的二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。三维建模空间结构与模板蛋白3mvb.1.A
的覆盖度为74.0%，且与二级结构预测的结构基本一致。与DmTTF相互作用的蛋白质均为线粒体转录因子或线粒体呼吸链蛋
白。黑腹果蝇DmTTF蛋白与家蝇、达氏按蚊编码的同源蛋白的进化距离最小。结论：黑腹果蝇DmTTF蛋白具有线粒体转录
终止因子蛋白家族的典型结构，可能参与果蝇线粒体基因的转录调控过程。

关键词: 黑腹果蝇, 线粒体转录终止因子, 生物信息学, 结构与功能

Abstract:

Objective: To analyze the structure and function of mitochondrial transcription termination factor DmTTF protein in
Drosophila melanogaster based on bioinformatics method. Methods: Based on the amino acid sequence of mitochondrial transcription
termination factor DmTTF protein in D. melanogaster from FlyBase database, the protein physicochemical property, hydrophilicity/
hydrophobicity, subcellular localization, secondary protein structure, protein domain, protein tertiary structure, protein- protein
interaction, as well as the protein evolution relationship of different species were analyzed by using different bioinformatics software.
Results: The mitochondrial transcription termination factor DmTTF protein consists of 410 amino acids, the estimated theoretical
molecular weight and is oelectric point were 48.3 kDa and 9.62 respectively, which belong to the MTERF protein superfamily without
transmembrane region, and it is a hydrophilic protein. The main composition of the DmTTF protein secondary structure were α-helix
and random coil, showed similar result with protein tertiary structure whose spatial structure and the coverage of template protein
3mvb.1.A was 74.0%. Proteins that interact with DmTTF were mitochondrial transcription factors or mitochondrial respiratory chain
proteins. DmTTF protein in D. melanogaster and encoded homologous protein in Musca demestica and Anopheles darlingi showed highly
homology. Conclusion: DmTTF protein in D. melanogaster contained the typical structure of mitochondrial transcription termination
factor protein family, which might involve in the transcription regulation of mitochondrial gene of D. melanogaster.

Key words: Drosophila melanogaster, mitochondrial transcription termination factor, bioinformatics, structure and function

中图分类号:

Q811.4

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