生物信息学分析幽门螺杆菌感染差异基因表达情况

大理大学学报 ›› 2023, Vol. 8 ›› Issue (2): 31-35.

生物信息学分析幽门螺杆菌感染差异基因表达情况

程明璟1，严　萍2，樊玉娟1，赵卫东1*

（1.大理大学临床医学院，云南大理　671000；2.大理大学第一附属医院消化内科，云南大理　671000）

收稿日期:2022-08-01 出版日期:2023-02-15 发布日期:2023-03-02
通讯作者: 赵卫东，副教授，博士，E-mail：wdzhao@dali.edu.cn。
作者简介:程明璟，硕士研究生，主要从事临床微生物感染与免疫研究。
基金资助:
国家自然科学基金项目（81960363）；云南省地方本科高校基础研究联合专项资金项目（202001BA070001-040）；云南省高层次卫生计生技术人才培养项目（H-2019045）

Bioinformatic Analysis of Differentially Expressed Genes in the Patients Infected with Helicobacter pylori

Cheng Mingjing1， Yan Ping2， Fan Yujuan1， Zhao Weidong1*

（1.Clinical College， Dali University， Dali， Yunnan 671000， China； 2.Department of Gastroenterology， The First Affiliated Hospital of Dali University， Dali， Yunnan 671000， China）

Received:2022-08-01 Online:2023-02-15 Published:2023-03-02

摘要/Abstract

摘要： 目的：分析幽门螺杆菌（H. pylori）感染后差异表达基因（ＤＥＧs）特点。方法：从基因表达综合数据库下载到3个H. pylori感染数据集（GSE6143、GSE60427和GSE60662），利用生物信息学分析软件对3个数据集中共同的DEGs进行KEGG通路富集分析和GO分析，构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析DEGs表达蛋白质之间的相互作用。结果：3个数据集共筛选到29个DEGs，KEGG通路富集分析和GO分析表明H. pylori感染后机体激活了炎症免疫反应，PPI分析表明H. pylori感染后TLR4、ICAM1、CCL4、TLR5、CCL19和CR2活性增强。结论：H. pylori感染后机体炎症反应较为活跃，TLR4、ICAM1、CCL4、TLR5、CCL19和CR2等基因可作为治疗H. pylori感染的潜在生物学标志物。

关键词: font-family:宋体, ">幽门螺杆菌, 感染, 生物信息学

Abstract: Objective：To investigate the differentially expressed genes （DEGs） in the patients infected with Helicobacter pylori （H. pylori）. Methods： Three H. pylori infection datasets （GSE6143， GSE60427 and GSE60662） were collected from Gene Expression Omnibus database. The common DEGs in the three data sets were analyzed by bioinformatics software for KEGG pathway enrichment and GO analysis， and the protein-protein interaction （PPI） network was constructed to analyze the interaction between DEGs expressed proteins. Results：A total of 29 DEGs were screened from three data sets. KEGG pathway enrichment analysis and GO analysis showed that the inflammatory immune response was activated after H. pylori infection. PPI analysis showed that the activities of TLR4， ICAM1， CCL4， TLR5， CCL19 and CR2 were enhanced after H. pylori infection. Conclusion：The inflammatory response of H. pylori infection is active， and TLR4， ICAM1， CCL4， TLR5， CCL19， and CR2 genes can be used as potential biomarkers for the treatment of H. pylori infection.

Key words: font-family:Times New Roman, ">Helicobacter pylorifont-family:Times New Roman, ">, font-family:Times New Roman, "> infectionfont-family:Times New Roman, ">, font-family:Times New Roman, "> bioinformatics

中图分类号:

程明璟, 严　萍, 樊玉娟, 赵卫东.

生物信息学分析幽门螺杆菌感染差异基因表达情况 [J]. 大理大学学报, 2023, 8(2): 31-35.

Cheng Mingjing, Yan Ping, Fan Yujuan, Zhao Weidong.

Bioinformatic Analysis of Differentially Expressed Genes in the Patients Infected with Helicobacter pylori [J]. Journal of Dali University, 2023, 8(2): 31-35.

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